Gluten alerjisi, vücutta ince bağırsaklarda bulunan villus çıkıntılarının yapısal olarak bozulmasıyla ortaya çıkar. Bu durum, besinlerin gerektiği gibi sindirilememesi nedeniyle meydana gelir ve ince bağırsağın zarar görmesine yol açar. Sonuç olarak, bireylerde gluten adı verilen proteine karşı yaşam boyu süren bir alerji gelişir. Villus çıkıntıları sağlıklı olmadıkça, sağlıklı bir beslenme ve gelişim mümkün olamaz. Bu durum çölyak hastalığı olarak bilinir. İçeriğinde gluten bulunan yulaf, çavdar, arpa gibi besinlerin tüketilmesi halinde gluten alerjisi devreye girer. Bağırsaklardaki mukozanın glütene olan hassasiyeti nedeniyle villus çıkıntıları küçülmeye başlar ve besinler tam olarak sindirilemez, bu da çölyak hastalığına yol açar.

Gluten alerjisi, oldukça rahatsız edici belirtilere neden olabilir ve herkeste farklı şekillerde ortaya çıkabilir. Bazı bireylerde sinirlilik, bazılarında karın ağrısı, kusma, cilt döküntüsü ve ishal gibi belirtiler görülebilir. Her yaş grubunda gluten alerjisi olabilir. Kesin tanı konulması için ince bağırsaklardan parça alınarak biyopsi yapılması gerekmektedir. Tanı konulduktan sonra, hastaların gluten içermeyen gıdalar tüketmesi zorunludur. Bu hastalar, yaşam boyu glütensiz diyet yapmak zorunda kalırlar. Diyet bırakıldığı anda belirtiler yeniden ortaya çıkabilir. Bağırsaklardaki hasarın iyileşme süresi, hasarın derecesine, kişinin yaşına ve diğer etkenlere bağlı olarak değişebilir. Uzun yıllar belirti vermeden ilerleyebilen gluten alerjisi, bağırsaklara ağır hasar vermiş olabilir. Bu nedenle glütensiz diyet asla bırakılmamalıdır. Tek tedavi yolu budur.

Gluten içeren besinler tüketildiği takdirde, besinlerin tam sindirilmemesi sonucu kana karışma gerçekleşmez ve bireylerde beslenme geriliği ortaya çıkar. Bu durum, kişilerin güçsüzleşmesine ve zayıf düşmesine neden olur. Ayrıca, vücuttaki organlar da zarar görür. Bu bireyler için sağlıklı yaşam, glütensiz gıdalar tüketmekle eş anlamlıdır. Bu nedenle gluten alerjisi olan kişiler yaşamları boyunca gluten içeren besin tüketmemelidir.